Școala Naţională de Studii Politice și Administrative organizează studii universitare de doctorat în următoarele domenii: științe politice (începând din anul 2000), științe administrative (începând din anul 2001), sociologie (începând din anul 2008), științele ale comunicării (începând din anul 2008) și management (începând din anul 2019).

SNSPA a organizat primul doctorat în științe politice din România și este singura instituție organizatoare de studii universitare de doctorat în domeniul științelor administrative. Cele mai semnificative teme de cercetare doctorală includ: studiul guvernării, buna administrare, drepturile omului în administrația publică, evaluarea instituțională, teoriile politice, politicile publice, politicile de gen, sociologia politică, antropologia post-socialismului, euro scepticismul, identitatea europeană, sfera publică europeană, politica de comunicare a Uniunii Europene, relațiile internaționale, studiile de securitate, etica politică, politicile de educație, management. Particularitățile programului doctoral din SNSPA derivă din expertiza coordonatorilor, din derularea programelor de cercetare şi din valorile la care aderă comunitatea universitară.

Programele de studii universitare de doctorat se finalizează prin susţinerea publică în faţa comisiei de doctorat a tezelor de doctorat.